L’imponente rocca fu edificata a più riprese tra XI e XIV secolo, periodo in cui Bolsena è dominata a più riprese dalla famiglia guelfa dei Monaldeschi; nemici di parte ghibellina erano i Filippeschi. Entrambe le famiglie erano di Orvieto e si contendevano il controllo della città e del territorio. Nel 1240 Bolsena e la Tuscia passano sotto il dominio dell’imperatore Federico II; dopo la sua morte nel 1251 torna sotto la parte guelfa. Agli anni del papato di Bonifacio VIII (1294-1302) risalgono il primo impianto della torre maggiore della Rocca, parte del muraglione rivolto verso il lago e il muro settentrionale rivolto verso il foro dell’antica Volsinii. Con Bolla del 4 settembre 1296 Bonifacio VIII dichiara Bolsena (e le terre del Lago) di dominio della Chiesa.
Tra 1308 e 1377 il papato viene trasferito ad Avignone: il territorio della Tuscia è attraversato da lotte tra Guelfi e Ghibellini e dilaniato in occasione della discesa in Italia di Ludovico il Bavaro (1327-1328) che pone sotto assedio Bolsena nel 1328.
Intorno la metà del XIV secolo si assesta il dominio su Bolsena del ramo della Cervara della famiglia Monaldeschi di Orvieto che viene consolidato tra XIV e XV secolo. A questo periodo risale la ricostruzione della rocca inclusa la realizzazione delle torri, di quella maggiore e della torretta d’ingresso: lo stemma dei Monaldeschi sormontato da un cervo viene apposto sui due lati della torre meridionale. La famiglia, tuttavia, risiedeva nei due palazzi di proprietà: l’uno vicino il castello e l’altro nel borgo sottostante.
Il dominio dei Monaldeschi su Bolsena si esaurisce nel 1451 con la morte del conte Corrado, senza eredi al seguito; la città torna allora sotto il diretto controllo della Chiesa.
La pianta della rocca è irregolare; è a forma trapezoidale e presenta quattro torri diverse tra loro che rivelano l’originaria struttura di epoca gotica. Le torri sono coronate da sporgenze regolari sorrette da mensole dentellate. Nel piano inferiore si notano i resti delle fortificazioni fatte costruire da papa Adriano IV (1154-1159) per difendere Bolsena dagli attacchi di Federico Barbarossa: i conci parallelepipedi provengono dalla città romana di Volsinii. Le mura di papa Adriano IV comprendevano la zona del castello e l’area del borgo sottostante lungo la Cassia ad esclusione della chiesa di Santa Cristina, posta troppo lontana dall’area abitata.
La rocca è visitabile e da essa si gode uno splendido panorama sul lago; al suo interno è stato allestito il Museo Territoriale del lago di Bolsena con una ricca sezione archeologica e l’acquario; nel cortile esterno sono collocate steli ed epigrafi.
Uscendo dalla rocca si scorge la possente mole rettangolare del sottostante palazzo Monaldeschi: ospita una sede disaccata del Museo Territoriale del lago di Bolsena con una nuova sezione archeologica e di ceramica medievale e rinascimentale.